הבית יוסף בסימן תכ”ג כתב בשם שבלי הלקט סימן מ”ה:
מצאתי לגאונים אין אומרים פעמים ולהיות לכם לאלהים בקדושה אלא במוספי שבת וי”ט אבל במוספי ר”ח וחה”מ לא וכן מנהג פשוט ולמה נהגו לומר פעמים ולהיות לכם לאלהים בקדושה מצאתי בתשובת הגאונים לפי שבימי רב גזר יוזגדר מלך פרס שלא יקראו ק”ש מה עשו חכמים שבאותו הדור תקנו להבליעו בין הקדושות רישא שמע ישראל וסיפא אני ה’ אלהיכם ולמה תקנו לומר בהבלעה כך כדי שלא תשתכח ק”ש מפי התינוקות ובקשו רחמים מן השמים ובטלה הגזירה [באה תנין ובלעה את המלך באמצע היום].
אמרו חכמים שבאותו הדור לא נבטל שלא לאומרה בקדושה כלל כדי שיתפרסם הנס לדורות אלא נקבע אותה בתפלת המוספין ובתפלת נעילה שאין שם ק”ש כלל וכן מנהג בשתי ישיבות.