May we pronounce God’s names when they appear in the study text?
Yes, says Mishna Berurah 215:14
לבטלה, ר”ל שלומד הרב עמהם הברכות שלא בזמנן אפ”ה מותר להזכיר שם השם ואפילו הרב יכול להזכיר השם כדי ללמד להתינוק הברכות שהרי ע”כ אנו צריכים ללמוד עמהם כדי לחנכם בלימוד התורה ובקיום המצות [וכמו דכתיב ולמדתם אותם את בניכם וגו] ודוקא עם התינוק מותר להזכיר את השם אבל גדול בשעה שלומד הברכות בגמרא אומר בלא הזכרת השם ורק כשלומד הפסוקים הנזכרים בתלמוד רשאי לאומרן כמו שהם כתובים עם הזכרת השם.
Yosef Ometz (349) also adds a warning:
ומצוה להזכר בפירוש בשעת לימוד ולא לכנות אדושם וכיוצא דלדעתי אינו דרך כבוד כלפי מעלה לכנות שהרי הכנוי לאדם הוי בזיון וכן שמעתי מהקדמונים.
If I may be permitted to give grades to past greats (for the sake of Heaven), the aforementioned is the exactly correct way to analyze any religious question.
Treat Hashem no worse than you ought your fellow man. Be considerate, empathic.
Rashi Shabbos 31a:
דעלך סני לחברך לא תעביד, ריעך וריע אביך אל תעזוב זה הקדוש ברוך הוא, אל תעבור על דבריו שהרי עליך שנאוי שיעבור חבירך על דבריך, לשון אחר חבירך ממש, כגון גזלה גנבה ניאוף ורוב המצות