פרקי דרבי אליעזר סוף פרק מ”ג:
וכשמלך שאול אמר לו שמואל כה אמר ה’ צבאות פקדתי את אשר עשה עמלק לישראל והחרמתם את כל אשר לו מה הוא את כל אשר לו עד משתין בקיר ולא תחמול עליו והמתה
ולקח שאול את אנשי המלחמה ויצא לקראת עמלק וכשבא שאול לאמצע הדרך עמד והרהר בלבו שנ’ ויבא שאול עד עיר עמלק
אמר שאול אם האנשים חטאו הנשים מה חטאו והילדים מה חטאו ואם הילדים חטאו הבהמה מה חטאה
יצתה בת קול ואמרה לו שאול אל תהי צדיק הרבה יותר מקונך שנ’ אל תהי צדיק הרבה
תארו לעצמכם בשר תומך כשר, חלב תומך כשר…
Consider this: If one were to study Maimonidean or Vilnian halacha, he would come to see how each and every ruling fits with the Talmud. However, if one were to study, for example, the Rema’s glosses to the Shulhan Aruch, it would be an exercise in determining and explaining why individual rulings veer from those that seemingly emerge from the Talmud. Therefore, if one were seeking to approach any matter of practical halacha from a critical point of view, that is study halacha as a form of interpretation of the Talmud, he would do best to follow the Vilna Gaon’s methods. The result is usually an intellectually satisfying and honest understanding of the halacha.
From Avraham Ben Yehuda, here.