האם הגאון מוילנא חולק על הראשונים ז”ל?

סנהדרין מ”ד ב’:

אמר ליה אביי לרב דימי האי קרא במערבא במאי מוקמיתו ליה אל תצא לריב מהר פן מה תעשה באחריתה בהכלים אותך רעך ריבך ריב את רעך וסוד אחר אל תגל בשעה שאמר לו הקדוש ברוך הוא ליחזקאל לך אמור להם לישראל אביך האמורי ואמך חתית אמרה רוח פסקונית לפני הקדוש ברוך הוא רבונו של עולם אם יבואו אברהם ושרה ויעמדו לפניך אתה אומר להם ומכלים אותם…

רש”י שם: 

אמר רוח פסקונית, גבריאל.

הגהות הגר”א:

נ”ב, אינו כן.

א”ה, איני יודע טעמו.

Removing Tefillin for Mussaf?

Shulchan Aruch O.C. 423:4:

נוהגים לחלוץ תפילין כשרוצים להתפלל מוסף

Mishna Berurah idem 423:10:

נוהגים וכו’, והטעם דכמו דאין מניחים תפילין ביו”ט משום שיו”ט בעצמו אות כמו כן יש לנהוג בראש חדש עכ”פ בשעת מוסף שמזכירים מוספי היום דאותה זכירה ג”כ הוא כעין אות וכתב הפמ”ג שיש לחלוץ התפילין בובא לציון קודם יהי רצון שנשמור חוקיך ויש נוהגים רק לחלוץ הרצועות מהאצבע קודם יהי רצון מיהו כל זה בר”ח אבל בחוה”מ שהוא יו”ט גמור יש לחלצם קודם הלל (מג”א).

Did you understand the logic? I did not. It appears to be a bias for “custom” and against Tefillin (I have not the time to further investigate now).