בשנים ההן התקיים עימות ממושך בין המוסלמים ליהודים בנוגע לזכויות היהודים בחצר בית הכנסת הרמב”ן, הניצב עד עצם היום בצמוד לְמסגד, מה שהביא אז לתסיסה בקרב המוסלמים. את פסקו של השליט הממלוכי במצרים, אל־מלכ אל־אשרף סייף א־דין קאיתבאי, קראו באספה מיוחדת.
ההיסטוריון הירושלמי בן התקופה מוג’יר א־דין מעיד שעל אף האיסור על עליית יהודים להר הבית הורשו בפעם ההיא נציגי היהודים להגיע למסגד אל־אקצה: “ויהי כבוא דבר המלך ירושלימה ויתאספו במסגד אל־אקצה… ויקרא את מאמר המלך… כשמוע השופט השאפעי את הדבר הזה ויגער על היהודים, הבאים שמה ברישיון הנתון להם, העומדים בתווך”.
1496
איגרת שנשלחה מירושלים בידי אחד מתלמידי רבי עובדיה מברטנורא מספרת על עליית יהודייה להר עד סמוך לכיפת הסלע – המכונה שם “המקום הקדוש ונורא”. “וסמוך אליו יש מדרש שלמה המלך עליו השלום (הכינוי הרווח בעידן ההוא למסגד אל־אקצה, א”ס). ולא ייכנסו בהם רק הישמעאלים לבדם. ומרת שטיילא… ראתה היא בפנים, באמצעות עירונית ישמעאלית, אישה חשובה היושבת סמוך למדרש. ושמעתי מפי מרת שטיילא כי הוא בניין אבנים יפים עד מאוד, בהירים כעצם השמיים לטוהר, ולמעלה ציפויו זהב טהור מעשה ידי אומן. אבל בבית עצמו לא ראתה בפנים”.
1516
רבי ישראל מפירושא, ששהה בירושלים בעת כיבושה מהממלוכים, סיפר באיגרת שלכיפת הסלע “אין שום אדם (יהודי, א”ס) נכנס מצד האיסור”, אולם בעת הכיבוש הטורקי נרשמה חריגה מכך, “שבזמן שהיה המלך התוגר בכאן היו יהודים עמו ונכנסו בתוכה, וכולם מתו”.
1567
בדיוק 400 שנים לפני מלחמת ששת הימים ביקר בירושלים אחד מגדולי משוררי יהודי תימן, ר’ זכריה־יחיא אל־צ’אהרי. ב”ספר המוסר” שכתב תיאר ביקור אסור בהר: “ואלך בחוצות העיר / וליבי בקרבי הבעיר / על עיר אבותיי וחורבותיה / ותוקף שוממותיה / והייתי מתהלך בהר הבית / ואסב שבתי תחת עצי זית”.